食品安全事关人民群众身体健康和生命安全，事关经济健康发展与社会和谐稳定。食品安全监管体系作为食品安全工作的重要载体，其健全完善程度直接关系到食品安全监管工作的质量和水平。目前，制约我国食品安全监管体系的关键问题有：
一、综合协调体制不健全。国家有关法律及文件明确要求，要落实食品安全的属地管理责任，地方政府负总责。但目前工商、质监等部门仍实行系统垂直管理，地方政府特别是市、县政府难以有效协调，权责明显不对应。机构组建进度缓慢，由于食品安全涉及监管部门众多，为此中央成立了国务院食品安全办，作为专职专抓、兜底协调的机构，但目前全国仅有8个省在政府单设了综合协调机构，难以保障国家各项决策部署落实到位。各级综合协调机构职能不完善，组织协调手段缺乏，力量比较薄弱。
二、分段监管体制有待完善。监管交叉和空白问题依然存在，虽然食品安全法对相关部门监管职责进行了规定，但由于食品安全问题的复杂性、交叉性等特点，分段监管模式很难对相关职责明确划分，易形成监管漏洞和监管空白，甚至造成推诿扯皮，影响了监管执法的力度和权威。资源浪费与不足现象并存，由于食品安全责任重大，各部门纷纷加大投入，增强装备和设备配置，增加人员编制，不断强化本部门监管力量，有限的编制、资金等资源被分散到各系统之中，造成了监管力量分散薄弱、监管执法不到位等问题，也造成了重复建设、资源不能共享的局面。工作体系不适应形势需要，如面对当前食品安全违法犯罪高发、频发的形势，仍未建立打击食品安全违法犯罪的公安专职队伍。
三、基础基层监管薄弱。基础法规不健全，食品安全配套法律规章不完善，衔接不顺畅，惩处力度不足，违法违规成本低。食品安全标准不统一，仍存在缺失、滞后、重复以及相互矛盾等问题，科学性和合理性有待提高，影响了监管执法效率。检验检测体系还不完善，检测资源分散，装备水平和技术能力落后，重复建设和重复抽检问题仍未解决。风险监测体系建设滞后，风险评估能力比较薄弱，系统性风险防范能力有待提高。基层监管能力亟需加强，不少地方基层监管体系还未建立，乡镇（街道）和村委会、社区既无监管职责，又无监管机构，成为监管盲区。
四、社会监督作用仍未充分发挥。各级政府监管理念有待转变，“重管理、轻服务”思想比较严重，“出现问题堵漏洞、针对漏洞抓监管”的工作模式仍未改变，整治“一阵风”、督查“走过场”现象时有发生。各级食品行业协会数量多、范围广，但官方色彩偏重，职能定位存在偏差，难以代表本行业所有企业的共同利益，自律机制不健全。广大消费者食品安全意识和自我防范意识有待提高，举报投诉渠道不畅通，消费者组织不健全，影响和制约了消费者参与监管的积极性。建议：
一、健全综合协调机制。一是加快推进各地综合协调办事机构建设，完善工作机制和程序，配齐配强工作人员，尽快形成上下对口、协调一致、高效统一的食品安全综合协调机制。二是建立食品安全责任制，把上级政府对下级政府的年度绩效考核扩大至各相关部门，将考核结果作为部门领导班子和领导干部综合考核评价的重要内容。三是加快推进垂直管理部门改为属地管理工作，使地方政府权责对应，真正落实属地管理责任。
二、调整和完善部门监管职能。一是合并工商与质监部门，通过人员、资源等优化整合，解决生产与流通环节间职责不清的问题。二是将畜禽屠宰环节监管职能调整为农业部门负责。目前畜禽屠宰环节主要由商务部门负责监管，而农业（畜牧）部门则负责畜禽养殖环节监管，难以明确责任，也造成了重复检验现象，建议将畜禽屠宰环节的职能调整为农业部门监管，提高监管效能。三是在公安系统成立打击食品安全违法犯罪的专职队伍，充分发挥公安系统在打击违法犯罪方面的独特优势。四是逐步推行综合执法。对市县两级监管部门的执法队伍进行整合，建立食品安全综合执法队伍，在总结经验的基础上，逐步推进国家和省级部门执法队伍整合。
三、强化基层监管力量。建议按照重心下移、关口前移的原则，加快推进基层食品安全监管体系建设，构筑“横到边、纵到底”的食品安全监管网络。一是强化乡镇（街道）监管责任。要求各县级政府将食品安全工作纳入乡镇（街道）的目标管理考核内容，明确考核办法和奖惩措施。加快在乡镇（街道）设立食品安全管理机构，承担乡镇（街道）食品安全日常监管工作，并配备专职食品安全监管员。二是充分发挥群众监督作用，依托城市社区和村委会，建立食品安全协管员、信息员等群众性队伍，加强对队伍的培训和指导。三是推行网格化管理模式，建立乡镇（街道）、村（社区）、村组（楼院、街区）三级网格，在每个网格确定监管人员和协管员，将所有食品生产经营者纳入网格管理。
四、加快基础支撑体系建设。一是加快完善法律法规体系，加快清理和修订食品安全法的配套法规、规章和规范性文件，针对牛羊禽屠宰、保健食品、新资源食品等监管薄弱环节加快出台管理办法。健全行政执法和刑事司法衔接机制，完善严惩重处食品安全违法犯罪行为的相关法律法规。二是进一步完善食品安全标准管理体制，规范标准审评工作机制，加大对现行食品标准的清理整合力度；根据食品安全监管和食品产业发展需要，加强食品安全标准制修订工作。三是统筹考虑现有资源分布和实际工作需要，整合资源、集约配置，建设食品安全检验检测的综合性平台和专业性平台体系。四是进一步健全食品安全风险监测体系，使风险监测网络从省、市、县并延伸到社区、乡村，覆盖从农田到餐桌全过程。完善数据报送网络和报送方式，逐步实现数据电子化实时报送。建立健全食品安全风险预警制度，加强风险预警基础建设，推动监管工作向预防为主转变。
五、构建群防群控工作格局。一是鼓励消费者积极监督。各级政府设立食品安全投诉举报中心，统一举报电话，充分研究举报奖励制度，发挥群众参与监督积极性。二是取消各类行业协会与政府部门的挂靠关系，真正发挥其在规范企业行为、加强行业自律、协助政府管理、促进产业发展等方面应有的作用。三是进一步健全专家咨询制度，完善食品安全专家库，为食品安全监管提供技术支持。此外，还要支持新闻媒体客观及时、实事求是报道食品安全问题，创造良好的社会氛围。