农业科研机构是国家公共科研力量的重要组成部分，也是增强农业自主创新能力、推进农业科技进步、保障国家粮食安全的重要基础。中共中央、国务院一直将“三农”工作放在国民经济的首位，连续出台加强“三农”工作的一号文件。2012年中央一号文件指出，要按照分类改革的要求，深化农业科研院所改革。农业科研机构是农业科技创新和推广的主体，直接关系到农业生产科技水平和科技创新能力的提升，农业科研机构改革也是我国科技体制改革的重点之一。目前，农业科研机构改革还存在以下问题。
一是农业科研机构分类方法仍需探索，公益性定位仍需明确。以往的改制中对公益类和非公益类院所的划分标准不够科学。在我国知识产权保护制度不完善、法律法规体系需建全、农业企业和中介组织不发达的条件下，科研机构直接转企往往面临市场竞争力弱，创新活力不足等问题。一些农业科研机构缺乏市场营销体系、市场模式、贷款信誉、社会融资渠道，骤然推向市场，不仅不能催生现代农业科技企业，反而削弱了原有公益性职能。
二是农业科技评估机制不合理、不完善。农业科技评估机制仍然存在重论文轻发明、重数量轻质量、重成果轻应用等问题。评估过程随意性较大，缺乏明确法律法规约束，行政干预多。评估主要采用同行专家评估制，不能全面反映科技成果的社会效益，缺乏有效反评估机制、外部监督机制和问责机制，影响了评估的科学性、客观性与公正性。缺乏社会化的第三方评估机构，评估主要由项目主管单位或承担单位委托，委托主体通常又是被评估主体，存在既是“运动员”又是“裁判员”现象。评估指标体系不健全，农业科研成果具有一定地域性和滞后性，但成果评估偏重获奖、论文、品种和专利数量，忽视了应用性。
三是现代科研院所治理结构仍需探索，内部管理运行机制需要理顺。农业科研机构发展独立性仍不充分，受到经费不足等问题的影响，难以根据学科特性和自身优势展开自主研究，也难以在“公益”和“营利”之间寻求最佳平衡点。人事管理不健全，对科研机构工作人员仍为身份管理，真正意义上的岗位管理和聘用管理举步维艰，缺乏有效退出机制，对一些业务能力和综合素质等方面无法适应新形势下岗位工作要求的人员仍然难以辞退，多采取内部待岗的方式解决。缺乏有效激励机制，农业科技工作者特别是青年研究者积极性未能充分调动，导致高层次人才“留不住、引不来”。
四是投入机制不合理。竞争性项目经费占比过高，许多农科院存在人员费、公用经费缺口，也缺少科研业务费，经营能力较强的单位尚能利用部分经营收入进行有限度的财务补贴，但一些公益性强的科研机构，只能依赖竞争性项目经费开展工作。科研院所受短期课题影响，缺乏长期性、稳定性研究；科研人员忙于申请项目、应付检查，科研时间被挤压，影响科研成果质量；一些科研机构为保证本单位运转和职工工资发放，被迫通过各种途径利用科研经费弥补事业经费缺口。科研立项和经费拨付周期不一致，研究机构在没有先期经费的条件下难以开展研究，资金到位后为保证科研进度而“突击花钱”，影响了经费使用的科学性、合理性。
在新形势下，必须进一步深化农业科研机构改革，以保障农业长足发展，必须在“分类管理、分类改革”基础上，不断推动改革深化。为此，提出以下建议。
一、进一步研究农业科研机构划分方法，明确和调整农业科研机构定位。集中力量分析农业科研机构成果的产品属性，根据其社会效益和个体效益，区分科技成果中的公共物品、公益物品和具一定外部性的私人物品。按科研单位主要产品属性和发展方向，进一步研究农业科研单位分类方法。避免提供公共物品的科研机构兴办企业，对于目前科研机构所办科技型企业，政府通过购买服务的方式委托企业完成相关科研任务。进一步明确三级农业科研院所的公益性特征。鼓励各级农业科研机构在更广泛层面上建立协调合作机制，依靠区域性协作机制和科技对接平台等方式，增强科研资源共享。对农业科研机构事企分离和拟转企科技机构定位问题作具体分析，避免采取“硬指标”等“一刀切”手段。对拟转企和一些定位不当的农业科研机构，推动事企分开。
二、完善农业科技评价制度。探索建立分类评价体系，对科研机构的公益服务业绩、科技创新能力等方面综合评价。市场应用和开发研究以获得自主知识产权、用户评价和产业应用情况相结合的方式评价；基础类农业研究项目采用量化指标和定性指标相结合的方式评价，同时明确国家财政资金资助的研究成果应首先在国内发布；应用基础类农业研究项目采用量化指标和下游用户评价相结合的评估方式。通过立法明确科技评估作用、地位，评估机构的功能和责任，以及评估范围、程序，监督、奖惩和问责；避免主管部门直接干预评估行为，明确对评估机构的约束。通过认证机构加强对科技评估机构和人员的资质认证和管理，逐步建立评估机构信用管理体系。组建独立性强的科技评估机构，负责国家和省级重大项目的评估，其经费由财政给予保障。避免对科技项目和科研人员过于频繁的考核。
三、不断完善科研机构治理结构。进一步提升科研机构独立性，实现法人自主权，使科研机构能够针对农业生产需要和本单位特点自主安排科研活动，农业科技主管部门将精力集中于宏观、中观层面指导。转变思路，推动有条件的农业科研机构转企的同时，将企业纳入农业科技创新体系，鼓励有条件的农业科研机构，以及从农业科研院所面向市场的部分与企业直接合作或合并。支持企事业单位、社会团体和其他社会组织设立各类研究开发组织，逐步形成多元化、多层次的农业科研格局。健全激励机制，逐步引入技术要素、管理要素参与收益分配。建立健全重大科研事项决策机制，强化科学技术委员会和职工代表大会作用。建立完善农业科研院所机构编制及预算约束监督机制，促使机构编制管理与财政预算、社会保障管理之间相互衔接。
四、改善投入机制。探索财政对农业科研机构分类支持方式，对生产公共物品、公益物品的农业科研机构给予稳定经费保障，对生产具有外部性私人产品的科研机构通过政府购买服务给予相应支持。给予农业科研机构一定的财务自主权，使之能够依据实际整合资金。通过“当年立项、次年展开”或加快资金拨付速度等方式，改善农业科研项目研究周期和财务周期不匹配状况。