2006年国家全面取消农业税，在减轻农民负担、规范乡村基层组织行为方面取得了显著成效。然而，村级组织公共服务和社会管理职能逐步衰退，显现较多乱象。部分村级组织出现组织成员“离村化”、集体资产处置“黑箱化”、组织选举“资本化”、组织运行“黑恶化”、干群关系“离心化”现象。
农村税费改革后，村级组织理应转变为新农村建设中的领导者、农民群众生产生活的服务者。然而，当前村级组织治理中显现的上述乱象，产生了严重的危害，究其根源有着深刻的成因。
一是公共服务供给缺失，服务型组织转型停滞。随着新农村建设和国家强农惠农政策的推进，村级组织的主要事项应集中于公共服务领域，定位为服务型组织。调查显示，当前农民对乡村道路建设、农业技术指导、农村合作医疗、农产品供需信息等服务需求最为强烈。但是，客观上村级组织可支配的人财物资源日渐缩减，无力提供公共服务；主观上村干部演变为“赢利性经纪人”，无心提供公共服务。村级组织大多停留在一种维持运转状态，与服务型组织相去甚远。
二是民主意识淡薄，农民利益维护机制断裂。村委会主任及委员由民主选举产生，是我国基层重要的民主政治安排，可将老百姓信赖的、真正为村民服务的候选人推选为村干部，也有利于增强老百姓的民主经验，推进我国民主化进程。当前村委会选举中，资本力量强大，贿选严重，选举流于形式。另一方面，村干部在处置集体资产上的“黑箱化”运作，导致农民群众利益受损。而在利益维护机制方面，参与渠道不畅、农民丧失话语权，法律救济途径缺位。
三是村级组织基础薄弱、人员涣散，公信力下降。村级组织人财物等资源短缺，农村党员队伍老化，村级领导班子后继无人，村干部离村化削弱了组织的人员基础。另外，村干部掠夺、侵吞农民集体资产，招致老百姓极大不满，村级组织公信力下降。据有关调查，71%的受调查者认为“当前农村基层政权面临诸多问题，正日趋弱化”；而“腐败现象严重、基层组织涣散、地方黑恶势力的侵入”被认为是侵蚀基层政权的主要因素。
四是村级组织治理能力下降，危及执政基础。当前农村社会因土地征用补偿、环境污染引发的矛盾不断显现，若不能及时发现和化解各类矛盾，极易引发群体性事件。村干部“离村化”导致乡镇和村级组织对农村社会管理呈失控状态；村集体资产处置“黑箱化”、村级选举“资本化”、干群关系“离心化”，弱化了村级公共事务治理的合作基础和组织合法性；黑恶势力把持下的村级组织，则完全丧失合法性。此类现象已危及到党和政府在农村社会的执政基础。
我国村级组织治理过程中，既面临人口空心化、取消农业税所引致的资源萎缩难题，又获得了土地征用、矿藏资源开发等集体资产处置中的利益分配机会，显现了较多问题。建议采取以下应对策略。
第一，以发展集体经济为基础，加大村干部业绩考核制度。取消农业税，消除了村级组织与农民群众间的税费征缴关系。二者在缺少集体经济利益连接的背景下，日益离心化，村级公共利益维护机制断裂。集体经济是连接村级组织与农民群众的纽带，是农民参与村庄公共事务治理的动力源泉，是村级治理的经济基础。当然，发展集体经济并非向计划经济时代的回归，而是现代科技背景下农民合作经济。同时，加大村干部业绩考核制度。村干部“离村化”是其不作为的重要体现，而侵吞集体资产则是犯罪行为，应受到严重惩罚。应建立“离村化”村干部退出机制，构建以农民群众参与监督为基础，村干部年度业绩考核与述职制度，依据业绩状况兑现不同职务待遇报酬。
第二，以维护村民利益为中心，加大集体资产管理运营透明度。市场经济下，村民的经济利益意识不断觉醒。城市化进程中，农民集体所有土地征用补偿、矿藏和林木资源开发承包是涉及利益分配的重要事项，也是村民利益受损事例频发领域。因此，以维护村民利益为中心，加大集体资产管理运营的透明度。以村民知晓、参与、监督为基础，在涉及重大经济利益分配时，可引进由社会团体、科研机构所组成的第三方进行评估和监督，杜绝村集体资产处置“黑箱化”运作。
第三，以提高村级组织治理能力为目标，加强村干部业务能力培训。提高村级组织治理能力涉及人、财、物资源和制度环境，其中村干部能力素质是核心。当前村干部群体中年龄偏大、受教育水平低、知识经验陈旧的人员数量庞大，短期内难以实现村干部人才的年轻化。因此，以提高村干部知识技能、科技信息获取、业务素质提高为重点的教育培训，有助于提高村级组织的治理能力。构建村干部培训学员选拔、培训课程、培训机构、教职人员、经费支持方面的制度体制，所需经费应由中央和省级财政承担。
第四，以改善村级民主治理水平为保障，构建多元主体协作治理机制。参与、表达、妥协是现代民主政治的核心要素。只有农民群众的参与监督，政府的外部资源支持、以及对腐败和黑恶势力的坚决打压，村级治理民主治理才能实现。税费改革后村级治理乱象丛生，既有组织内部因素使然，更受到宏观制度环境影响。因此，应构建以县乡政府指导、支持为基础，农民群众广泛参与监督的多元协作治理机制，以应对农村社会变迁中带来的种种难题。