当前，全国不少地区正通过源自基层的新型农村社区建设实践，探索一条大中小城市和小城镇协调发展、城镇化与新农村建设双轮驱动的城镇化发展道路。新型农村社区建设，适应了农村生产方式变化的需要，对于解决“三农”问题，扩大内需，调整经济结构，转变发展方式，全面建设小康社会具有重要的意义，可以说是继家庭联产承包责任制之后，又一次触动农村生产方式、生活方式和社会结构的历史性变革。然而值得注意的是，各地的建设实践中也存在一些突出问题和潜在矛盾。
一是缺少国家层面的战略规划。尽管各地在新型农村社区建设中展现出极高的热情和丰富的创造力，但普遍缺少清晰的远景目标，对一些全局性、长期性问题认识不足，影响了规划建设的前瞻性。在河南、安徽等地调研时发现，部分地方政府和基层干部对新型农村社区建设“要达到什么目标”、“如何实现”、“有哪些障碍”等问题还没有清晰的认识，一些地方存在“走一步看一步”的心态，甚至存在为政绩而追求一步到位、拔苗助长的隐忧。同时，一些地区忽视中城镇化进程中长期人口结构、分布变化趋势，忽视历史文化传承，存在拔苗助长隐忧，直接影响到新型农村社区的长远发展、投入效率。
二是普遍面临资金难题。各地普遍反映新型农村社区建设资金投入不足，存在以行政村为对象的项目资金与新型农村社区规划不衔接，农村和城市区别对待的项目资金扶持政策与新农村发展状况不衔接，专项资金要求完工期与新型农村社区项目建设周期不匹配等问题。国家涉农资金投入效率低下，但地方没有整合权限，难以集中资金、扭转投入低效的局面。
三是土地制度改革有待推进。“还权赋能”未能落实到位，新型农村社区住宅性质仍为小产权房，农民财产的用益物权难以保障，不利于土地有效利用，难以很好地维护农民权益，也在很大程度上制约了农村金融发展。同时，新型农村社区建设面临一些具体的制度障碍。例如，几个行政村整合为一个新型农村社区，需要集中占用一个村的土地，然而这与法律规定用于住宅建设的集体土地必须通过征收途径才能跨村组使用的要求相悖。又如，新型农村社区从规划建设、搬迁入住到腾退、复垦土地周期一般需要5年以上，与土地增减挂钩周转用地3年的期限不匹配。
四是产业支撑不稳固。新型农村社区发展的前景，仍然取决于产业的布局、结构发展前景以及与社区的关系。在黑龙江、河南等地的调研发现，不少农村社区的产业结构不合理，农产品深加工产业发展缓慢，仍多处于产业链上游、价值链下游的“初加工、粗加工”阶段，缺少牵动力强、回报率高的支柱产业和吸纳劳动力强的劳动密集型企业，未能形成以工带农、以农促工的态势，影响新型农村社区的持续发展的生命力。
五是新型农村社区公共服务与基层治理的体制机制不完善。一方面，从城镇延伸到农村社区的社会管理服务功能仍待完善，运行机制有待深入探索，如江苏就出现农村社区管理经费无着落，管理人员工作强度大、待遇低，公共设施标准低、质量差、维修难等突出问题。另一方面，从村级自治过渡到社区自治，涉及到将原有村级组织的整合改造，若不转变理念狠抓基层民主建设，必然面临新问题。例如，安徽部分新型农村社区只是在村委会机构上加挂社区牌子，干部用老办法管理新社区，服务工作与居民要求还有较大差距；江苏部分社区更出现组织“管不着”与个人“不服管”并存，社区民主选举、民主管理、村民自治不能有效落实等问题。
为此，提出以下几点建议。
一是将新型农村社区纳入我国城镇体系统筹规划。当前，新型农村社区建设定位为新型城镇化的组成部分，但绝不应是对城镇化模式的生搬硬套和简单复制，必然是一个长期的、循序渐进的过程，其进度主要决定于区域的经济社会发展水平，任何不切实际的“大跃进”方式和急功近利的思想将会带来很多后患。为此，必须从国家层面明确新型农村社区发展的方向、途径、目标和重点，出台指导意见和相关配套政策，既不能“走一步看一步”，也不能大干快上“搞运动”，求一步到位和一切标准向城市看齐。同时，对我国未来人口结构、分布、劳动力数量及素质等变化趋势进行战略研究，为城镇体系规划和产业合理布局提供科学指导，重视农村历史文化资源和特色风貌的保护传承。
二是加快财税体制改革。逐步清理归并各类涉农专项转移支付项目，加大中央对粮食主产区一般性、均衡性转移支付比例，大幅度增加对农村公共设施建设的财政支持。将新型农村社区建设纳入支农惠农政策体系，在划定新型农村社区基础必建项目和必备公共服务的基础上，将涉农资金按省打包分配，强化市、县根据国家目标在整合和使用各类涉农资金上的自主权，并从各级财政预算编制、财政监督等方面确保建设资金落实到位；建立农村社区建设资金投入评估体系；在法律层面建立长效机制，保障新型农村社区建设中土地置换产生的增值收益大部分回馈农村。
三是推进土地制度改革，促进农民非农化、城镇化。将新型农村社区建设与土地制度改革相结合，推进宅基地、房屋确权颁证，开展流转、交易、抵押等方面的探索，构建新型农村社区建设用地统一平台。坚持“产权明晰、用途管制”和建立城乡统一土地市场的基本原则，在明晰土地产权、遵守土地利用规划和用途管制的基础上，逐步从城乡住房价差较小的中小城市放开市场，允许农村社区住房入市交易。修订法律法规，允许开展新型农村社区建设的地区，不必通过征收途径即可跨村组使用集体土地建设住宅；结合新型农村社区建设的实际情况，适当延长“土地增减挂钩”周转用地时限，为新型农村社区建设打通制度障碍。
四是高度重视产业支撑。因地制宜作好产业规划和评估。规划必须符合国家产业结构调整方向和布局，明确主导产业，因地制宜地培育企业集群。将农产品深加工作为现阶段新型农村社区建设的关键支撑予以重点扶持。建议综合运用财政、税收、信贷、金融和保险等手段，建立专项扶持基金，特别加大对农民农产品深加工业创业的扶持力度；降低农产品深加工业的增值税税率；将农产品深加工产业纳入惠农政策范畴。
五是完善社区管理体制机制。着力探索构建新型农村社区管理和社区民主运行机制，建立专职、稳定的社区管理服务队伍，提高基层组织整合资源和化解矛盾的能力，推动农村社区管理水平不断提高。在此方面，安徽、江西等地实施的社区综合服务中心工作机制、江苏等地实施的社区网格化管理都取得较好成效，其经验值得借鉴。此外，应加大面向新型农村社区社会保障、教育、医疗等方面投入，进一步推进城乡公共服务均等化。