进入二十一世纪以来，我国财政科技支出无论是绝对量，还是在财政支出中所占的比重都增长很快。但是，我国财政科技经费投入的使用效率偏低的问题还是比较突出。科技经费使用效率偏低的原因是多方面的，从科技支出管理的角度，直接导致财政科技投入的使用效率偏低的原因主要有以下几个方面：

1.科研经费多部门管理，资金使用效率低。我国财政科技资金在使用中存在多部门管理问题，除科技部外，国家和各级政府的发改委、自然科学基金、哲学和社会科学规划办、教育、环保、卫生、农业等部门都分别掌握一定数量的科技资金。由于缺乏对科技投入的统筹协调，使科技资源增量没有形成合力，出现了一些项目的重复投资。

2.科研专项经费采用项目管理模式，绩效管理定位不准确。我国科技经费采取建设项目管理模式，强化量化成果，限期评估收益，注重短期效益，导致“学术泡沫”和“虚假绩效”发生。特别是对一些基础研究与应用研究的重大项目，获准立项近半年，就有要求中期检查，上报科研成果的现象，其结果就是大量的“表上成果”。

3.预算拨款制度严重脱离科研活动的实际需求。科研经费拨付时间滞后，影响了科技投入产出的效率。科技经费预算要经过人大会批准后才能使用。全国人大一般在3月份召开，经过层层批复下达预算，许多科研经费到达承担单位都在下半年。因经费下拨滞后，前期支出以及与研究经费拆借现象十分普遍，经费使用过程中拆东墙补西墙现象严重，造成后期管理十分困难。

4.科研经费使用的制度规定不尽合理。财政部门为了保证财政资金的使用效益，对财政专项科研经费的使用内容进行了严格限定，这本身是正确的，但有些规定却不尽合理，不符合科研活动的规律，反而影响科研活动经费的实际效果。比较突出的问题有：一是科研经费在评审阶段的操作程序及规范僵化。如预算一个大头钉也要提供三家商家的报价单、明年的会议今年就要提交会议的内容及参会通知等。二是科研经费列支科目规定过细，调整程序复杂。特别是一些课题经费，经费列支内容过细，限制经费的合理有效使用。三是科研项目经费管理“重物轻人”。现规定研究生劳务费每人不超过300元，劳务费原则上不超过总经费的5%至10%。这种硬性规定导致很多必须的人员费用开支无法报销，甚至一些必要的调研活动也难以保证支出，影响科研经费的使用效率。四是项目经费的零余额账户管理问题。实际上很多科学研究成果在结题之后才陆续形成，例如，论文发表、专利申请和维护等，如果不留经费就无法完成。

5.科研经费没有实行全成本核算

科研项目的成本费用主要由直接费用、间接费用和协作研究费用三部分构成，全成本核算要求将科研项目消耗的所有资源成本纳入科研项目的成本核算中。多年来科研机构和高等学校所谓的科研成本核算，仅仅是科研课题发生部分的直接费用。其间接费用和期间费用，如从事科研所用的房费、水费、电费、固定资产使用费、科研人员的工资、奖金等几乎没有在研究项目（课题）中得到体现。预算中允许提取的管理费大体上仅占直接费用1%-8%，无法支撑为科研工作提供良好的设施和条件。很多科研项目的间接费用和期间费用只好从各单位的事业经费中支出，从而造成很多项目承接单位，特别是高校，每年的事业经费全部花光或略有超支，而科研经费总有结存。这样，科研课题的研究成本并没有得到真实的反映，并在某种意义上造成了国有资产流失。

为了提高科技经费的使用效率，使我国宝贵的科技资金能够更对经济社会发展发挥更大的作用，我们建议

第一，完善财政科研经费的财务管理制度。一是根据不同的资金来源，分别制定横向科研经费和纵向科研经费的资金使用范围、财务科目和费用开支标准。二是制定有关资金转拨管理规定。根据科研项目任务书、合同书或经费转拨批件中的协作单位名称、转拨金额、协作单位合法有效的财务凭据和其他必要的资料，以及必须由科研部门和财务部门共同审批等规定办理转拨手续。三是调整科研经费结账管理办法，明确科研课题结账时间和结余经费的用途及处理规定。四是调整经费报销管理制度，在科学立项、科学预算的基础上，给项目承担者经费使用的一定自由度。如对社会科学类等课题，适当放宽劳务费使用规定，充分考虑科研过程中的实际情况，只要是课题研究所需就应该可以获得科研经费的支持。五是调整财政经费评审中过于繁琐的程序，以及科研支出的政府采购政策。六是尽快完善科研费用中列支间接费用的制度规定。

第二，构建科研项目评价、后续跟踪和持续支持制度。以提高财政科技资金的使用效率为准则，完善科研项目管理制度。一是在项目立项阶段，实施科研项目“招投标制度”。 科技的投资、研究、成果应用应该引进公平、公开、公正的市场竞争机制，建立和推行科研项目招标投标制度，打破科研项目申报评议制的封闭管理模式，建立更加开放、符合市场化的科研项目管理新体制。二是要适当调整科研项目管理方式，根据科研项目自身特点制定评估方法，改变限期评估的方式，灵活考核项目进展，以最终成果为重点考核对象。改变科研项目重项目、轻研究；重文章、轻实践；重鉴定、轻转化的“三重三轻”现象，加强科研项目过程监督，建立科研项目的跟踪评价制度，加强科技项目的验收。同时，在评价中也要充分考虑科研活动本身的不确定性和风险性，允许失败。三是建立项目结题后的后续跟踪评估和持续支持制度。对于基础性研究在绩效考评之后，认为是有待于进一步研究的项目，应给与后续支持。

第三、完善科研项目管理体制。进一步厘清和细化政府各主管部门的科研管理职能，明确职能定位，如科技部门重点支持研发性研究和成果转化、农业主管部门重点支持农业产业化及其提升研究、发改委重点支持科技条件的改善、自然科学与社会科学基金重点支持基础性研究和应用基础研究、等等。同时，在交叉研究领域中应有一个宏观平台，避免重复支持。

第四，建立和完善科技成果转化的激励机制。一是要加大对科技成果转化的引导和鼓励。对于科技成果转化，应通过制定或调整已有的减免税收、税利返还、低息贷款等优惠政策，予以鼓励。建议各级政府设立高科技发展基金，为高新技术成果产业提供多种形式、多条渠道的资金支持。加强对企业、科研院所中试基地的投入，使中试基地真正成为实现科技成果转化的有效渠道，加速科技成果的转化。建立科技成果转化的风险投资基金，推动研究开发的深入和科技成果的产出，优先支持高新技术成果转化项目，以此来促进科技成果的转化。二是建立适应科技成果转化的管理体制。各级政府应重点改革部门所有、条块分割的科技管理体制，切实加强对科技成果转化工作的宏观规划、统一协调和政策引导。根据本地区的具体情况设立科技成果转化服务中心，负责组织对高新技术成果转化项目的认定，为高新技术成果转化项目的立项、工商注册登记、税务登记和优惠政策的落实等提供“一站式服务”。培育和指导从事科技成果转化的中介服务组织，采集、发布应用领域的科技攻关信息，推广国内外科技成果，建立科技界与产业界、金融界的沟通渠道，开展产学研成果信息交流。三是建立和发展科技成果转化的社会化服务业。加强对科技成果转化中介服务机构的宏观规划，并扶持其发展。对现有中介服务机构要登记入网，实行规范化管理，使之充分发挥作用。大力推动和发展建立在数字技术和网络化基础上的新兴服务业。建立科学、公正、权威的科研成果转化评价机构，承担评估论证有关政策、法律、法规的咨询，为科研成果转让或合作开发各方提供技术先进性、技术价值、转化条件、转化资金、市场预测、效益分析、利益分配等问题的分析报告，维护合作各方合法权益，规范市场行为，促进科研院所、高校、企业互利互惠，紧密合作。