全国人大代表、九三学社中央常委、中科院地球环境研究所所长、中科院院士周卫健说，近年来，我国在江河流域、矿产资源开发、水资源及水土保持等方面开展了一系列生态补偿工作，取得了明显成效。但总体上看，还存在着一些突出问题：

一是生态补偿的意识比较淡薄，缺乏必要的法律支撑。生态产品作为一种商品还没有完全形成，生态补偿的意识还比较淡薄，许多企业、单位认为生态环境是无价的观念还普遍存在。此外，开展生态补偿的政策和法律依据尚不充分，生态补偿立法远远落后于生态问题的出现和环境监管的发展需要。

二是生态补偿的补偿主体不明确，补偿方式比较单一。生态产品是一种公共产品，责任主体主要是政府，但并不意味着付费主体也是政府。按照“受益者付费”原则或者“污染者付费”原则，政府、企业、城市或大城市居民都需要合理承担补偿责任。从实践看，我国的生态补偿方式还主要依靠政府财政，以转移支付、生态工程建设、专项资金补助，以及相关税费政策为主要手段，市场机制作用比较微弱。

三是生态补偿的标准太低，难以弥补保护者为之支付的建设成本和牺牲的发展机会成本。生态补偿的成本应包括两个部分：生态建设、保护的成本和发展机会成本的损失。在实际操作中，保护者付出的额外成本与其应承担的相应成本可以不做严格区分；保护者损失的发展机会成本的确定可以参照地区的平均发展水平、保护者的生活水平与受益者生活水平差距等指标。以陕南水源保护区例，如果综合考虑生态建设、保护的成本和发展机会成本每年至少应补偿资金量为300亿元，然而中央每年实际转移支付仅有10多亿元，远远满足不了实际保护需要。

四是补偿资金使用不明确、不规范，生态保护投入资金不足。生态补偿资金的使用应该是多方面、有规划的，既包括补贴经济发展的机会成本，也应包括生态建设支出。从目前补偿资金用途看，补偿资金的使用不够明确和规范。绝大多数资金都是用到保工资、保发展、保稳定上，用到生态建设上的资金较少，支出的随意性较大，制度上有待进一步完善。

五是生态补偿存在着利益空白点，部分受损者的利益没有得到补偿。据测算，在陕南地区由于退耕还林后耕地面积急剧减少，加上为控制农业面源污染，减少化肥、农药使用量，亩产降低，农民每年种植业收入减少18.67亿元；实行林木“禁伐”和控制养殖水域面积，林产品加工业、水产养殖业年收入分别减少35.32亿元和13.16亿元。但从目前生态补偿的情况看，广大农民群众并没有得到应有补偿。

中共中央、国务院《关于深入实施西部大开发战略的若干意见》（中发〔2010〕11号）明确提出，“按照‘谁开发谁受益、谁受益谁补偿’的原则，逐步在森林、草原、湿地、流域和矿产资源开发领域建立健全生态补偿机制”。建议国家尽快出台生态补偿政策实施细则，建立健全生态补偿机制。具体建议如下：

一是加快推进生态补偿政策立法。加强生态补偿立法工作，从法律上明确生态补偿责任和各生态主体的义务，为生态补偿机制的规范化运作提供法律依据。

二是扩大生态补偿覆盖面并合理确定补偿主体。建议国家首先在大江大河、重要水源地、重要森林湿地等关系国家生态安全的重点生态区，以及矿产资源开发生态脆弱区建立健全生态补偿机制，然后有步骤地扩大生态补偿覆盖面。同时，要按照“谁开发谁保护、谁受益谁补偿”的原则进一步明确补偿责任主体，确保补偿资金及时兑现。在矿产资源开发方面，应进一步明确，无论央企还是地方企业，内资企业还是外资企业均应当履行生态补偿义务，而不能以央企名义为借口将生态环境破坏和污染成本无偿转嫁到地方。

三是建立和完善生态补偿的财政转移支付制度。国家先行建立生态补偿转移支付制度再逐步完善，分“三步走”。首先，完善一般财力性转移支付政策，先解决重要生态区的“吃饭”问题，即政府的生态补偿即政府为履行生态环境责任的事权所必需的财权。其次将生态保护的建设成本、运营成本和机会损失逐步纳入转移支付的范围。第三，对符合国家产业政策的循环经济项目和生态建设项目中省财政要单独给予支持，培育生态区自我“造血”机制。

四是建立健全生态补偿费使用监督机制。由发改会同水源保护部门提出计划，财政、审计等部门按程序监督，保证补偿费及时落实到生态建设部门，保障生态治理工作稳定有序开展，使补偿费发挥最大的环境、经济和社会效益。同时，建立生态环境补偿资金使用绩效评估制度和审计制度，定期对补偿资金的使用情况进行评估和审计。

五是加强对利益空白点的补偿。一是在转移支付补助资金中要特别加强对农民（牧民）的补偿，通过“一折通”等方式直接发放到农民（牧民）手中。二是要加强对国家级公益林森林生态效益补偿标准，解决国有林区收入低下问题。三是南水北调水源区补偿要覆盖市一级，目前直接对28个县进行补偿，市级没有覆盖。

六是积极探索建立市场化生态补偿机制。培育资源市场，开放生产要素市场，使资源资本化、生态资本化，使环境要素的价格真正反映它们的稀缺程度，可达到节约资源和减少污染的双重效应。应积极探索资源使（取）用权、排污权交易等市场化的补偿模式。完善水资源合理配置和有偿使用制度，加快建立水资源取用权出让、转让和租赁的交易机制。探索建立区域内污染物排放指标有偿分配机制，逐步推行政府管制下的排污权交易，运用市场机制降低治污成本，提高治污效率。引导鼓励生态环境保护者和受益者之间通过自愿协商实现合理的生态补偿。