全国政协委员、九三学社成员，中国农科院资源区划所研究员黄鸿翔说， 10年前科技部曾经部署并实施农业科技体制改革，对中国农业科学院及部分省级农业科学院进行了机构撤并与人员精简，由于出现了众多问题，因此改革进程不声不响地无限期停止，已改单位没有按计划进行验收，未改单位也不再进行。这就造成目前不仅没有形成新的农业科技创新体系，原有体系也变得残缺不全与极不协调。如原来有一万职工其中5000多科研人员的中国农业科学院只核定了不到3000人的创新编制，38个研究所只保留了14个作为基础性研究所，科研任务却大量增加。而一些地市级农科所却纷纷改为农科院，人数有的扩张到1000多人，科研任务则寥寥无几。下属研究所随意被撤并、改制或新增，土壤肥料研究所被撤，但却可以保留水牛研究所、甘薯研究所，还新成立质量标准与检测技术研究所，总体结构更加不合理。特别是在改革中忽视了一号文件中强调指出的农业科研的公共性、基础性与社会性性质，大批研究所被改为企业。而这一切都是在加快改革进度的口号下，没有经过论证和广泛听取科研人员意见就迅速进行的。

改革是发展的驱动力，同时改革也是摸着石头过河的探索，改革中出现一些问题是正常的，但不能出现问题就停滞不前，既不改正也不继续，而是应该不断调整不断深化。要落实好中央一号文件的部署，就必需通过调整与深化改革，建立有利于科技创新的农业科技体制。为此，就建立我国农业科技体制的部分问题提出如下建议：

1、在科研院所改革时公益性研究所应该单成系列。由于农业（以及林业、气象、环保等）科研的公共性、基础性与社会性性质，因而在改革方向、改革措施与业绩考核上都与基础性研究所、开发性研究所及中介机构有着根本性区别，不宜归入这3类研究所的任何一类，而应该在这3类之外再单列一类公益性研究所，制定其特有的改革方向、改革措施与考核指标等。

2、构建中央、省、地市三级农业科研体系，明确各级农业科研单位的分工与协作。中央级即中国农业科学院以承担农业基础性研究及解决国家“三农”问题和农业产业发展全局性、战略性、关键性的应用技术研究为主，省级农业科学院以承担区域性的应用技术研究为主，而地市级农业科学研究所可根据各地情况分别改建为省属专业性或地区性研究所或者是区域试验站，以承担上级部署的实验研究或根据本地生产要求而设立的应用技术研究为主。

3、根据承担任务的实际需要确定农业科研单位的人员编制。从当前情况看，中国农业科学院应该大幅度扩大编制，而部分过大的地市级农业科研院所应压缩编制。中国农业科学院在文革前即中国人口为7亿人时有职工7000人，现在中国人口增加了接近一倍，中国农业科学院承担的科研任务增加了几倍，科研经费增加了几十倍，但人员编制却增长甚少，创新编制甚至大幅度减少。由于编制不足，因此不得不主要依靠研究生和临时工从事实验研究，再加上初中级科研人员与科研辅助人员数量不足，科研队伍结构不合理，已经严重影响到科研骨干的工作时间与工作效率，进而影响到研究水平的提高。

4、重新规划中国农业科学院与各省农业科学院下属研究所的设置。研究所的设置不应简单规定数量限制，而应该根据行业与学科发展的需要设立，某些在前一段时间被撤并的重要研究所应该尽快恢复。