目前，我国湖泊水体污染、功能退化形势尚末得到根本扭转，依然处在“部分有所改善，总体问题仍十分严重，前景令人担忧”的局面。据2013年水利系统监测资料，全国开发利用程度较高和面积较大的120个主要湖泊全年总体水质I-III类只有39个，轻度至重度污染的湖泊占58.8%，国控重点湖泊水质四成污染，31个大型淡水湖泊水质17个污染；全国开展监测的20.8万公里重要江河河段中V类及劣V类河长仍占20.6%；全国六成地下水水质较差；全国十大水系水质一半污染。

中共十八届三中全会明确提出“有序实现耕地、河湖休养生息”的新要求。湖泊生态系统的保护不仅事关区域社会经济的可持续发展和人民群众的身心健康，更关乎“美丽中国”和全面建成小康社会目标的实现。为此建议：

一是构建基于湖泊流域统一性的治理体系。吸收国内外湖泊流域生态保护与治理的经验，制定各湖泊流域生态保护和综合治理法规，做到重大湖泊流域生态治理与保护建设和监管于法有据、适应改革发展需要。成立我国湖泊流域专门的管理协调机构，健全湖泊流域资源资产管理体制，完善监管体系，实现湖泊流域生态文明建设“多规合一”，以及多项任务一体部署、一体落实、一体督办。协调湖泊流域内各政府部门、科研院所按湖泊流域水环境容量制订湖泊流域内不同行业污染物排放与收费标准和不同湖泊流域生态保护级别。建立湖泊流域生态环境数据库，建设湖泊流域生态预警预测分析研判系统，制订灾害事件应急处置预案。严格监管和执法，防止地方政府、部门等关涉主体借湖泊流域综合治理、资源保护、生态修复之名，违法违规或违反科学规律对湖泊流域进行围垦、阻隔、填充、建路、开发或建造其他人工设施、引入外来物种、改变水文过程等，而导致湖泊流域生态环境碎片化和危害湖泊流域生态系统健康；对以湖泊生态保护名义搞形象工程、政绩工程的行为予以严厉打击。

二是探索多元、高效的湖泊生态保护和流域综合治理投入方式。整合现有湖泊流域生态补偿及其他与湖泊流域保护有关的财政资金的使用，统一实施湖泊流域内的污染治理、生态修复等工程；对跨界湖泊流域以中央财政出资为主建立湖泊流域生态治理与保护专项基金；完善政府购买服务的政策举措，吸纳社会资金参与湖泊流域保护治理工作；构建“谁投资谁受益”、“谁治理谁受益”、“谁修复谁受益”机制，公开湖泊流域综合治理的项目清单，允许有资金有技术的企业和其他社会力量投资湖泊流域生态保护治理工程。

三是建立湖泊流域生态保护与治理民间智库。建立湖泊流域生态治理与保护民间智库或协（学）会，集中各方面的智慧，围绕我国湖泊流域生态治理和保护、开发与利用中存在的突出问题、共性问题和瓶颈问题，开展跨学科、跨领域、跨部门、跨区域研究。当前，可以着手开展以下工作：各流域内不同类型生态系统的数量与分布、生物多样性、湖泊生态系统的健康状况、流域内水环境容量、污染物的类型与数量及其时空变化、污染物入湖途径、各类污染物对湖泊生态系统潜在危害等基础科学研究；流域内不同类型或不同来源污染物的控源与截留、生态系统修复、资源高效利用、清洁生产等事关湖泊保护技术的研发和集成；流域内不同产业环境监管、环境政策研究以及不同流域之间管理经验交流、培训与推广；对流域内拟实施的开发、利用、治理、保护等工程进行技术论证和技术咨询，并对湖泊流域生态保护效果进行第三方评估等。

四是开展湖泊生态保护和流域综合治理试点示范。在我国，因同一湖泊流域隶属于不同的行政区、同一湖泊水体存在多头管理等问题，导致湖泊保护工作遇到许多困难，亟需试点先行，积累经验后再推开。从国内湖泊流域的各自条件和目前的保护治理现状来看，可选择在治理初见成效的巢湖流域开展湖泊流域生态文明建设试点，把最新的科技成果转化为服务湖泊健康的具体举措，以形成在我国其他流域湖泊生态治理方面可复制可推广的经验，引领各地更好地开展湖泊流域治理与保护。

五是有选择地建立几个湖泊流域博物馆。选择在几个有代表性的区域建立融湖泊流域自然、历史、产业、人文于一体的湖泊流域博物馆，增强湖泊流域内人民群众的自豪感和保护湖泊流域的使命感，提升全社会对适应湖泊流域生态文明建设的文化认同和文化自觉。