长期以来，公益类科研院所（以下简称院所）是我国经济社会发展中提供公益类科技服务的主要载体，为国家科技创新体系建设与发展做出了重要贡献；但与此同时，也面临一系列问题和挑战，迫切需要通过进一步深化体制机制改革予以解决。

目前院所改革存在的主要问题是:

一是类别划分陷入困境，后续改革阻力重重。本轮院所改革始于2011年中共中央国务院发布的《关于分类推进事业单位改革的指导意见》（以下简称《意见》）。《意见》将公益类院所划分为公益一类和二类，具体由各地结合实际研究确定。如北京市原则上采取的是主管部门颁布标准，院所自行申报分类的做法。在实际申报中，院所为了拿到政府全额经费，纷纷申报为“全额拨款公益一类”，令主管部门无所适从。时至今日，下一步改革举措仍未公布，这从一个侧面说明后续的改革面临着很大的阻力和困难。

二是科研经费来源单一，难以支撑院所运转。近年来，院所科技项目经费增长较快，但事业费增长相对缓慢。许多院所迫于创收压力，不得不在重重规定、禁令和管制之外从事一些市场性经营活动，否则难以弥补经费的不足，难以维持院所的正常运转，难以维系职工的生存发展。

三是产学研用协同受阻，创新能力难以提升。现行制度下，院所往往是出于自身生存需要而不是从公益类科研的“产学研用”实际出发申报课题和项目，课题成果与市场难以接轨，与经济社会发展实际需求脱节，使得基础性、长远性的重大公益类研究项目难以长期稳定开展，阻碍了院所创新能力的提升。

四是内部分配机制不够健全，激励管理作用有限。大量的科研人员迫于生存，埋首于申请课题项目，对于成果转化、市场开拓、院所发展、民主管理等关系到改革发展长远大计的问题无暇顾及，严重影响院所的整体创新发展。

为此，建议：

一是打破僵化的分类模式，引入混合所有制经济。中共十八届三中全会通过的《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》指出：“积极发展混合所有制经济”、“允许更多国有经济和其他所有制经济发展成为混合所有制经济”。院所改革是一项具有中国特色的长期复杂的艰巨任务，没有现成的经验可以照搬，只能根据具体情况进行摸索。在院所改革中应打破僵化刻板的分类模式和体制藩篱，大胆引入混合所有制经济，强调国有股权与职工股权、个人股权的权利公平、自由交易，使国有资本和其他所有制资本实现双赢，提升院所竞争力和创新能力，促进公益服务效能最大化。

二是放开经营类活动限制，形成“院所+公司”模式的经费多元化来源体系。积极探索拓展经费来源，形成以政府投入为引导、多元化经费来源为主体的院所经费体系。事实上，“院所+公司”是改革开放30多年来形成的一条较为成熟完善的改革发展模式。它不仅弥补了科研经费和人员经费的不足，而且对公益类科研工作起到明显的引导、支持和帮助作用。应逐步放开对院所经营类活动的限制，建立完善的政策法律支持体系，使市场经营活动在财务管理制度中正常体现。这样，既能为院所的发展提供充足的经费保障，又能对包括经营类活动在内的院所各类活动实行严格管理。

三是加强产学研协同创新，提升公益类院所核心竞争力。产学研合作是生产力发展、科技发达、社会进步的必由之路，是国家创新体系的重要组成部分，也是院所创新发展的一条捷径。政府应加强引导、推动和扶持，形成促进院所产学研合作发展的体制机制。可选择若干重点领域行业，开展公益类产业技术链条及产学研战略联盟建设试点，推动公益科研资源共建共享，提升院所核心竞争力；允许院所科技人员经批准，可在院、校、企等机构兼职并获取部分收入，兼职中获得的成果可以作为职称评定和薪酬奖励的依据。支持院所科技人员离岗创业、创办公司。

四是尝试社会资本合作模式，加强激励管理和审计监督。国务院印发的《关于创新重点领域投融资机制鼓励社会投资的指导意见》提出：“加强政策引导，在公共服务……等领域，积极推广政府和社会资本合作（简称PPP）模式。”因此，可积极引入PPP模式，对院所实行“政府所有、管办分离、合同管理、企业化运营”的管理模式。通过公开招投标，对院所进行委托运营，通过合同制管理和审计监督，确保“国有资产不流失、科研经费用到位、科研质量不倒退”。在内部建立竞争、激励、流动和开放的企业式管理机制，达到降低成本、激励人才、提高创新能力的目的。

五是实行院所民主化管理，探索基层民主新形式。加快推进院所民主管理的制度建设以及公司法的相关条款修改，吸引、鼓励院所职工成为股东，建立院所党委会、股东大会、董事会、监事会、工会、管理层述职述廉评议（“五会一评”），院（所）务公开，日常议事规则等管理制度，落实职工的知情权、参与权、表达权和监督权。保障职工依法参与院所重大决策、重要人事任免、重大项目安排和重大资金运作（“三重一大”）的民主议事权利，监督权力运行，不断提升院所整体创新能力与发展水平。