九三学社与五四运动有着深厚渊源。九三学社创始人或积极参加五四运动，或深受五四运动影响。抗日战争后期，一批文化教育、自然科学学者继承并发扬五四运动反帝反封建的爱国精神，以民主、科学为宗旨，在中国共产党支持和抗日民族统一战线政策感召下，在重庆发起民主科学座谈会，自然科学座谈会的学者也陆续加入。为纪念抗日战争和世界反法西斯战争的伟大胜利，1945年9月3日，民主科学座谈会召开扩大会议，并更名为九三座谈会。1946年5月4日，改建为九三学社。

新中国成立后，九三学社以中国人民政治协商会议《共同纲领》和政协章程总纲为政治纲领，积极参与国家政治生活中重大问题的协商，组织社员参加民主改革和社会主义改造运动，走上为社会主义服务的道路，为巩固新生人民政权、恢复和发展国民经济、推进社会主义建设特别是发展科学技术、高等教育和医药卫生等事业作出重要贡献。

民主革命时期，九三学社支持中国共产党的主张，反对内战和独裁，与中国共产党团结合作，积极参加反对国民党独裁统治的民主运动，为争取新民主主义革命胜利而斗争。随后，九三学社公开响应中国共产党召开新政协、成立民主联合政府的号召，宣告接受中国共产党领导，参加中国人民政治协商会议，为建立中华人民共和国作出了积极贡献。

改革开放以来，在中国特色社会主义理论指引下，九三学社进一步明确了性质、地位和作用，协助中国共产党落实知识分子政策；围绕“参政党应该发挥什么作用和怎样发挥作用”这一重大课题，以理念和机制创新推动履行参政议政、民主监督和参加中国共产党领导的政治协商职能，为建设中国特色社会主义事业作出了显著成绩。